1. 安装没报错，但是在package里边没找到包？

A：library 万能，能加载即已安装

1. R包是否安装编译版本？

A: 否，R包安装有直接安装和编译版安装，选择直接安装版本即可。

1. Q：生信菜鸟团的网址打不开（R包安装代码）？

A：可能网址被攻击，在微信群@讲师解决

1. Q: 不存在叫' XXX '这个名字的程辑包

A: 不存在即没有安装成功，要按顺序从第一行开始运行代码（先运行R包安装的代码，然后用library()检查是否安装成功）。

A:   ex1是对象的名称，不是字符型数据，不需要加引号。

A:这个问题非常典型，先搞定R和RSRUDIO的安装，等着上课讲。也可以先对照答疑文档，找找问题所在。

1. 数据分析对电脑配置的要求？

A: 联想Y9000X，链接：/C3KMka 阅读原文直达~ 配置：9代i7标压处器，32G内存+2T固态硬盘+/s/mESkqakIlCRX23dFxSyQJA，这个是云空间网络服务器，可以通过买这个云服务器，在云服务器上运算

1. Q: 如何利用代码进行R包安装

   A: 光标定在第一行，一下下点run，光标会自动跳到下一行，留意每一行运行结果，如果有error，就截图。library 成功的，就不用再安装了，library 不成功的，出现error，就重新安装。

2. Q: R studio重启后再次安装R包，需要删除之前自动下载的包么？

A: 为什么有这样危险的想法？我们的Linux操作都在服务器上完成，到时候会给大家邮箱发送服务器的ip地址、用户名和密码。请大家不要尝试在自己电脑上安装双系统、虚拟机以及开启win10子系统，否则后果只能自负，尽量不要折腾，虚拟机是过时产物了，早该淘汰了。

1. Q: 不存在叫'XXX'这个名字的程辑包，涉及R版本问题？

1. Q: R包安装，第一步镜像就failed？

A: 搜索报错的最后一行，看看网上（google）有没有相关解决方法；或者多试试，也可能是网络问题。

1. Q: 课程直播在哪找？

A: 钉钉群，最上方会弹出直播窗口。

T: 上课期间，有问题请在钉钉群的提问环节提问。直播过程微信群不提供答疑。非直播期间在微信群答疑

1. T: 往期学员笔记参考

任何一个小知识点，一旦你搞透了，都可以写一个笔记

T: 大家可以先咨询清楚自己的发票报销情况，问清楚条目，自己填写群公告表格，我们会每个星期批量处理审核一次，不要着急哈

1. Q: 报了两个班，但还不在数据挖掘的微信和钉钉群里？

A: 等第四周讲完了再拉进另一个群。

A: 在钉钉群的群文件中，ppt转为了pdf哦~

1. Q: R语言中可将图片转化为文字的函数？

1. Q: 我们有全外显子数据处理吗？

A: 先学好基础，后面各种教程，会发给大家，在B站-生信技能树。

1. Q: 函数c()可以只有一个变量吗？

1. Q: 怎么找课堂反馈的腾讯文档？

A: 去钉钉群聊天记录搜索

A: 这是一个warning, 可以不用管的，error才需要去处理哈

今天下午发现有包是报错的，然后又重新跑了一遍，装这些R包的代码发现原来有的现在的都没有了…再打开R就是现在这样了

A: 先library一下，看看哪些没有，没有就重新安装。

A: 没有error，不管；只要能library，就说明没问题。

1. Q: 请问c() 这个函数叫什么名字？

A: 没有名字，就叫c

中国大陆也可以选择下面的下载和安装方式

Q: 那您帮我看看，这个报错是因为什么原因呢？

A: 找不到对象，需要先听一下前面的课，数据类型第一节，基础不牢的话，做实战分析必然是一步一个坑的，不能这样没完没了下去，这个报错是因为文件名缺了引号，在数据类型第一节和文件读取部分都有讲。

Q: 还有一个问题是没有设置species这个参数，默认值是human，而数据是mouse。

A: 卡住了?强制关掉重启一下试试，或者去任务管理器中关掉。

有个知识点，好像是按字符串逐个字符排序的，搜不到，怎么把gene10扔到最后去[捂脸]？

A: 中文世界里搜不到可以试试英文世界噢，提示：有序因子，需要统一重命名。

这里大概有188个ggplot2画出来的图，有3k行代码。真的是我看到过除了Rstudio出的书以外最全的ggplot2讲解系列。凡是您能想到的，这个内容全都覆盖了，讲解的也是非常清除有条理，整理的是非常全面。

1. Q: 截图中高亮的那句函数什么意思呢？

A: 筛选出中间含有t的字符串。

这两句是等同的么？这样出来结果是一样的

A: 这涉及到R语言里面的正则表达式，你搜一下。

这种数据是不是只测了非编码RNA没有mRNA呢？

A: 原则上没有这样的产品，理论上是不可能绕过编码蛋白的基因，可以咨询一下公司，还是有一些公司提供这种芯片的。

1. Q: 数据文件“chic”下载不了

我下载了jimmy老师推荐的ggplot2绘图网站里的R文件，里面要求的包都已经更新装好了。本来想运行一下试试里面的绘图，然后里面的数据文件“chic”下载不了，这个提示是指源文件chicago-/s/NZmXEYRwxK-NSM7GGEXatg。

1. R语言终极练习题相关问题

A: 你记错了吧，并不是箱线图要加这个参数，而是直方图，箱线图必须要提供横纵坐标，而且不需要加这个参数，记混了。/s/MfQaA1oVruckCnwamYK5-w 这里边讲了，看看。代码多半是搜出来的，或者对照帮助文档写的，不要凭空自创。

Q: 小洁老师，看之前的课分组信息的时候，在运行这行注释信息的代码之后，一直出现+，是哪里出错了？搜索了下也没找到答案。虽然不重要，但是想知道出现+的原因。               

A: （1）那不是少了一对反引号吗？（`是反引号）你在自动补齐的时候，那反引号就是自动加上去的，并不是自己打的，你应该是自己手动删掉了吧？反引号不成对，导致了命令不完整 所以出了+。（2）（Q: 虽然不重要，但是想知道出现+的原因）怎么会不重要呢？一句命令没有运行，也没有成功，它怎么能不重要呢？它很重要，你解决不了这个问题，后面的都没办法做了呀。

Q: sed '1~1s/ID=/ID==/'，虽然实现了对奇数行进行操作，但是自己写的代码自己都不理解[流汗]，蒙的。

A: 奇数应该是 1~2 ，表示从第一行开始，两行取一行。1,3,5,7。。。跨度是2。

A:  第五节课课前讲了的 去听一下回放.

Q: 我作业里的截图也不是这样呢？

A1: 加 -A 才能看见末尾那个特殊字符。

A2: 你这个文件是不是从你本地的windows 传上去的? 或者在Windows环境下打开过?

Q: 没有，直接链接过来的

A: 好的吧 老师今晚会讲 是编码的问题，有些不可见字符会产生意外的影响的。

A: 只要知道其中的一些字符的含义就知道这句话的含义了. 首先, \s代表任意的空白字符, 空格或者tab都算. \s*$匹配的是从空白字符到末尾的所有字符. sed的s///g是进行全局替换. 来, 你觉得是啥作用?[奸笑]

Q: 还是有点费解，-i 直接修改sra_url文件，全局替换空格到末尾,替换成什么呢？s/\s*

T:  感觉你是专门来考验我们讲师眼力的。

S: awk功能真是强大...又get了一项新技能[呲牙]

T: 学会三驾马车，实现95%的文本处理需求。

A: 你要去到自己的目录啊，试图在我的目录解压我的文件 咋能不出错呢，你的所有操作得在自己家目录下的文件夹里才能完成。

1. Q: 老师，为什么我的文件名后面有个：的呢？

A: 因为这几个是文件夹，ls * 就会加个冒号。如果你文件夹下面还有内容的话, 会显示在现在空着的那一行里. 这个冒号是为了标明文件夹下面的文件是从属于哪个文件夹的。

1. Q: 老师 我这儿回车后没反应

A: 卡住了嘛? 看起来是vim打开的样子 你多按几次回车试试看。

1. T: 完成学徒作业，以markdown笔记的形式发到我邮箱，我会抽时间集中检查，挖掘其中足够优秀的小伙伴进行重点培养，给与更高级的学习资料或者个性化的学习指引，并且提供一定量的项目兼职测试一下你成为“数字游民”的潜力。

S: 老师，学徒作业要把所有课程学完才能做吧，估计完成得好长好长时间了

T: 不着急，我们是马拉松课程啊，技能的掌握本来就是要花时间 的，巩固所学。

1. Q: 老师~我想请问一下，为什么这个表达矩阵的表达量在-2到2之间呢？

A: 非常多的表达矩阵都被归一化了，这个就是zscore哦~去搜索一下统计学知识。搜索我们生信技能树公众号历史教程，自行点击教程学会在技能树[公众号历史教程里面根据关键词查询，/s/TQqKlNRRbSYPM74D7mflsg，基本上初学者问题都有解决方案！

这两个推文你结合起来看。非常的有意思。

1. Q: 老师为什么我下载下来的这个数据大小不对？

A: 文件大小无所谓，关键是md5。一般这个文件旁边会带有一个 md5 文件，你看看，或者发链接。如果没给md5文件，你解压成功，就是ok的。再说，检验gz文件完整度，可以看下边这篇文章  /s/tZl_KIokSjeARbTxp1hB1g  知识点博大精深，一定要多学习。

1. Q: 我有好多问题想要咨询呀[捂脸]。

1. Q: 老师 我是没安装什么R包呢？

A: group是错的，可能是大小写

1. Q: 老师，我想请问您一下，如果在定义临床分组时，定义多组且包含NA值，然后在指定level的时候（先不考虑多组比较），可以直接指定两组吗，比如tumor 和non_tumor？还是我要把需要比较的两组取行先取出来          

A: 中划线 - 是前一句命令的。&& 你可以理解为一个分号的作用，前面是一句命令，后面是另一句命令，两句命令独立的。

A: 可能是你上一步出了问题, 回去检查一下log看看有没有报错. &&及之后的是另一条命令. 这样用&&写在一行的好处是只有前面的任务成功运行了, &&后面的命令才会被运行. 因此相对于写在两条里, 这种写法是有好处的

Q: 单独运行没出现问题，但是用管道符联合运行就不行，看报错的意思说我要输出的文件不存在（问题是那个是我要生成的文件肯定原先就不存在吧？），直接用&&把三句放一起了

A: 你一步一步检查一下 看看前面的内容 估计是前面的哪一步写错了或者运行错了才导致到这一步没法运行的。

1. Q: 老师 怎么把这个误安装的miniconda2删掉呢？

A: 是因为f开头的文件有多个，你要再给电脑点提示，比如打fi再按teb，这样系统就能知道你指定的是哪个文件了，tab*

1. Q: 为什么enrichKEGG包富集出来的通路跟String上富集出的不同呢？

enrichKEGG排在第7为的是脂质和动脉粥样硬化，但是在String里就没有这条。

A: 这是一个非常好的问题，搜索我们生信技能树公众号历史教程，自行点击教程学会在技能树[公众号历史教程里面根据关键词查询，/s/TQqKlNRRbSYPM74D7mflsg，基本上初学者问题都有解决方案！

1. Q: 老师，我载入ggplot2包的时候报错，更新了rlang包后依旧报错，可以怎么解决？

1. 使用typora软件来写markdown格式的图文并茂的文献速递

T: 我录制了gif动画，如何使用typora软件来写markdown格式的图文并茂的文献速递笔记，需要你花几分钟仔细学习一下，/5ZlGRNB

1. Q: 保存变量的时候，文件名后缀加或不加.Rdata，有什么不同吗？

A: 后缀仅仅是一个标记，给人看的，不影响程序代码识别它。加或不加，使用起来一样，但是他们的图标看起来不一样。

A: 你还没开始处理数据呢，现在切换一下就行，除非你要安装或者使用conda安装的软件，否则不用有这方面的疑虑。

1. Q: 第一个没问题 我就是把上面截不到的也截了下 就是第二张为什么没有那一列的内容呢[撇嘴]？

A: 要设置以下分隔符，设置为\t，有一些列有空白 比如RNA Seq这样的 RNA和Seq中间是空白  但是cut切割默认是使用空白 会把一列切割成两列，你用awk 加一个参数 -F'\t' 吧。

T: 我尝试复现了你的代码, 在你没有修改这个文件的前提下, 在我们的服务器里应该是能正常运行出来的. 但是如果你提供的信息是不全的, 比如你后面的截图没有把代码截全等等情况, 那就很难说为啥会报错了

T: 你的代码除了能输出第一行之外, 还输出了很多的空行, 看起来很像是在less里面, 例如我下面的代码和结果图. 所以下次提问的时候记得截图截大一点、全一点哦, 否则我们也很难给你解答的呢

T: 你的命令看起是没有问题的 如果出问题只能是文件的问题了~ 如果解决了 记得在群里分享一下哦

S: 老师 重新下载后还是空的 我明明是勾选了的呀[破涕为笑]

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够

解读SRA数据库规律一文就够

从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够

GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）

根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的

差异分析得到的结果注释一文就够

看看这个系列，去理解各个数据库的对应关系。

S: 但我还是不知道为什么我下载的就没有[破涕为笑]

T: 因为你对ebi数据库页面不熟悉啊，等你写一个 ebi数据库一文就够，

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够

解读SRA数据库规律一文就够

从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够