2003年钟南山荣获“中国医学基金會华源医德风范奖” 。

2003年6月19日钟南山因在抗非战斗的卓越表现，被广东省委、省政府授予唯一一项特等功

2003年，钟南山被广州市授予“忼非英雄”荣誉称号

2004年，被评为“感动中国2003年度”十大人物之一

2004年4月8日，钟南山被授予中国国内卫生系统的最高荣誉称号——白求恩獎章

2009年9月10日，被评为“100位新中国成立以来感动中国人物”

2010年12月6日，钟南山被评为中国“十佳全国优秀科技工作者”

2016年6月1日，钟南山榮膺中国工程界最高奖项——第十一届光华工程科技奖成就奖

2018年11月，钟南山入选100名改革开放杰出贡献对象

2018年12月18日，党中央、国务院授予钟南山同志改革先锋称号颁授改革先锋奖章，并获评“公共卫生事件应急体系建设的重要推动者”

2019年9月25日，钟南山被评选为“最美奮斗者”

2019年12月18日，钟南山入选“中国海归70年70人”榜单

1997年，钟南山当选为**十五大代表连任第***届全国政协委员。

2008年钟南山当选第十一屆全国人大代表。

钟南山先后受聘为世界卫生组织医学顾问、国际胸科协会特别会员、亚太分会理事现任中华医学会顾问、广州呼吸疾疒研究所所长、广州医学院院长、广州市科协主席、广东省科协副主席、香港中文大学（深圳）理事会成员等职。兼任中华医学会理事和廣东、广州分会副会长、中华医学会呼吸学会副主任委员等职