cytoscape绘制网络图,导入数据视图的要求有哪些

第一个答主一看就是编程底子深厚啊我提供一种简单的方式。 我的数据视图一般是txt文件做成两列,每一列都是基因名称同一行表示有互作关系(这是准备画无方向網络图的,如果是要画有方向网络图则第一列是上游基因第二列是被调控的基因)。如果是有调控强弱系数就放在第三列。

就是从弹絀来的窗口选择source interaction选择第一列基因,targets interaction选择第二列基因(中间的interaction type选择调控系数) 然后点击导入,选择有向网络或者无项网络初步的网络圖就做出来了。


可以通过cytoscape自带的network analysis包或者安装其他的包来对这个网络进行一定的分析或者形状改变,这点挺像R的

最后,调控关系并没有顯示而是作为边的属性存在,所以可以根据这个属性值显示成粗细不同,或者做一个筛选等等。(这个我没做过但是属性值看到過,肯定有包是可以的)

好,就是这样欢迎批评指正,新手求轻拍!

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