cytoscape竣工图绘制要求网络图，导入数据的要求有哪些

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2016-12-05 04:23 标签： cytoscape 导入数据
1.安装java环境2.安装Cytoscape2.8.33.打开Cytoscape软件，根据菜单导入*.CytoscapeInput.txtFile ----& Import ----& Import network from table(Text/MS Excel)会弹出导入文件的对话框，在对话框中设置如下：(1)Input file：选择文件路径(2)Source Interaction:Column 1(3)Target Interaction:Column 3(4)Interaction Type: Column 5(5)单击Import4.调整网络打开互作数据后，点击如下菜单，调整过程如下（大家最好是统一的）：①点击自动调整网络形状。②Plugins ----& Network Analysis ----& Analyze Network,弹出如下窗口： ③如图所选，Treat the network as undirected ---& OK,弹出如下窗口： ④如上图，点击Visualize Parameters，弹出如下图： (1)Map node size to:Degree(2)Map node color to:Clustering Coefficient(3)Map edge size to:EdgeBetweenness(4)Map edge color to: EdgeBetweenness最终生成的网络图： ⑤文件导出点击相机的按钮，选择输出格式为pdf 三、结果说明（readme.txt）*.txt：第一列和第三列为基因id,其他列是在STRING数据库中找出这些差异基因间的互作数据。*.pdf：可视化文件--互作网络中节点(node)的大小与此节点的度(degree)成正比，即与此节点相连的边越多，它的度越大，节点也就越大。节点的颜色与此节点的聚集系数(clustering coefficient)相关，颜色梯度由绿到红对应聚集系数的值由低到高；聚集系数表示此节点的邻接点之间的连通性好坏，聚集系数值越高表示此节点的邻接点之间的连通性越好。边(edge)的宽度表示此边连接的两个节点间的互相作用的关系强弱，互相作用的关系越强，边越宽。没有的组合代表没有互作关系。生信人(gh_be8b125d5abc)　
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