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&【求助】单机多核并行VASP，如何编译？
【求助】单机多核并行VASP，如何编译？
作者 yankai131
例如：2CPU，4核/cpu。单机多核并行VASP，如何编译？
高人指点一下，需要注意哪些设置：如节点等
采用openmpi,或mpich2来进行并行编译。
单机就一个节点，没什么节点问题
关于编译vasp,在本版VIP资源中有不少，自己找一下吧
引用回帖:Originally posted by sunyang1988 at
单机就一个节点，没什么节点问题
关于编译vasp,在本版VIP资源中有不少，自己找一下吧
版主，我有个疑问阿，如下，版主能给点建议吗？谢谢。。或者可以共享下版主的编译经验吗？
我的计算环境如下：
我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是
Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。
我安装的系统的Debian-Lenny, 64bits
编译器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已经
安装好VASP，才用Bewulf结构，但是计算中出现了问题：
1.如果我只在一个node上做计算（只启动一个node），采用mpirun，可以全速计算，MPI不会出现问题：
2.但是假如我同事启动两个，node0和node1（也就是两个node有数据交流时，不管用的核多少），我使用mpirun时，当POSCAR
或者说计算的super cell超过一定值时，就会报如下的错：
###################################################
Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack:
MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed
MPIDI_CH3I_Progress(150)..........:
MPID_nem_mpich2_blocking_recv(948):
MPID_nem_tcp_connpoll(1709).......: Communication error
rank 23 in job 1&&node0_55860& &caused collective abort of all ranks
&&exit status of rank 23: killed by signal 9
###################################################举个例子,VASP的例子，关于水的优化：
O atom in a box
1.0& && && & ! universal scaling parameters
8.0 0.0 0.0&&! lattice vector&&a(1)
0.0 8.0 0.0&&! lattice vector&&a(2)
0.0 0.0 8.0&&! lattice vector&&a(3)
1& && && && & ! number of atoms
cart& && && & ! positions in cartesian coordinates
当&&“1.0& && && & ! universal scaling parameters”，时，同时在两个nodes上计算（也就是两个node有数据交流时）会出错的，但是在一个node上不会。
但是当把“1.0& && && & ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5时，就不会。
我也测试过不管怎么样，当supercell超过4，就会出错，
引用回帖:Originally posted by enola at
版主，我有个疑问阿，如下，版主能给点建议吗？谢谢。。或者可以共享下版主的编译经验吗？
我的计算环境如下：
我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是
Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。
我安装的系统 ... 不知道怎么回事，因该是mpi没装好吧，不行换个openmpi试试看
用“ssh 本机名”或“rsh 本机名”，看是否要密码？如果要的话，说明MPI环境没弄好。
用ifconfig检查一下，IP要设成固定的。
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&【求助】单机多核微机上，设置那些才能使用多核运行VASP
【求助】单机多核微机上，设置那些才能使用多核运行VASP
作者 wonderflyer
想在一个多核微机上并行运算VASP，需要那些设置和命令。
你用的是什么系统？ vasp是什么版本的？是串行的还是并行的？
系统是RHEL5.0，VASP是4.6版，编译是按并行编译的。
取决于你用的MPI，google一下就能找到答案的
呵呵,这个不是太简单的问题.我也碰到过.
(1)确保在linux上并行版本编译通过.
为了达到这个目的,需要安装mpich2.建议所有相关软件包都安装在你的vasp编译用户下.或者都编译在root帐户下,以后再调整权限问题,这个我还没有去弄.
(2)不用特别设置,先输入命令mpd.用mpdtrace检查一下,运行成功的话返回主机名称(你的电脑名)
要达到这个目的,要设置mpich2/bin的路径,加到PATH搜索路径当中.
然后就是在你的包含INCAR文件的目录下运行mpirun -np m vaspmpi.
m是你想运行的核数,我的是单CPU四核,所以我经常m=2/3,vaspmpi是我编译的并行版vasp的名字,你可以改成你自己命名的执行文件.
可以设置成mpd自动启动,修改启动文件就好了.这个我还没有弄,懒得折腾,反正机子我一个人用.呵呵.
我的OS: rhel 5.2 32位的.单CPU四核.
[ Last edited by cenwanglai on
at 12:49 ]，
楼主安装mpich即可，单机一般就用mpich2。在这之前需要确定你已经打开了ssh服务。
谢谢各位！根据大家的回答，我已经解决这个问题了。但是，用四核中的两个计算，提交任务大概十几分钟，就会死机。可能是我硬件问题，计算资源不够。我的微机配置是Q6600CPU，内存8G，计算96原子的超胞，自旋极化计算。用单核优化是占有内存大概不到4G，但一使用两核计算，就会在提交任务大概十几分钟后，死机。不知道是不是内存不够？
应该是内存的问题，96个原子，还有自旋，K点只要不是1，基本上你的配置就很难跑了。
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(小有名气)
在线: 37.5小时
虫号: 1316792
注册: 专业: 无机材料化学
单机多核一个cpu的串行并行求助
各位前辈，小弟刚刚接触vasp，实验室的服务器是8核的，不确定是一个还是两个cpu，请问需不需要安装mpi啊？如果不安装，是不是就等于是用一个核计算啊？真心的很困扰...先在此谢过各位了！
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(知名作家)
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注册: 专业: 考古理论
【答案】应助回帖
★ 感谢参与，应助指数 +1fzx2008: 金币+1, 谢谢指教
并行的话肯定需要MPI，并且按并行方式编译才可以....
如果不是必须并行，譬如做NEB或大体系计算或赶时间，那就无所谓了，你可以同时多加几个作业....
(小有名气)
在线: 29.1小时
虫号: 1449737
注册: 性别: GG专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ 感谢参与，应助指数 +1fzx2008: 金币+2, 谢谢回帖！
20:48:07zytcv: 金币+5, ★有帮助
如果你想用多个进程同时计算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI，一个计算任务就只有一个进程。
BTW，问一句CPU的个数和核的个数不一样啊？
(知名作家)
在线: 1316.2小时
虫号: 167622
注册: 专业: 考古理论
引用回帖:: Originally posted by dxf_dxf_dxf at
如果你想用多个进程同时计算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI，一个计算任务就只有一个进程。
BTW，问一句CPU的个数和核的个数不一样啊？ &VASP是不支持OpenMP的.&
这是哪里来的消息？
(正式写手)
在线: 87.1小时
虫号: 947564
注册: 专业: 无机非金属类光电信息与功
引用回帖:: Originally posted by hakuna at
&VASP是不支持OpenMP的.&
这是哪里来的消息？ 好像他们推荐用Open MPI
不过我没编译成功
最后用了MPICH2
timeflies..
(小有名气)
在线: 29.1小时
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注册: 性别: GG专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ fzx2008: 金币+1, 谢谢回帖！
引用回帖:: Originally posted by hakuna at
&VASP是不支持OpenMP的.&
这是哪里来的消息？... VASP is an application for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) calculations using pseudopotentials and a plane wave basis set. Currently it is the most frequently used DFT code at NERSC. VASP is written in Fortran90 and is parallelized with MPI. The current version of VASP (5.2.11) does not have OpenMP implemented in the code.
自己google
(知名作家)
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引用回帖:: Originally posted by dxf_dxf_dxf at
VASP is an application for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) calculations using pseudopotentials and a plane wave basis set. Currently it is the most frequently used DF ... 这里的vasp测试结果不就是OPEMMPI上的吗
(著名写手)
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★ ★ ★ fzx2008: 金币+3, 专家考核, 谢谢指教
引用回帖:: Originally posted by hakuna at
这里的vasp测试结果不就是OPEMMPI上的吗... OpenMP和OpenMPI是两个东西，第一个是内存共享的线程并行，第二个是进程并行MPI的一个实例化程序～前者在软件有代码支持的时候不需要外加程序就可以使用，在单机多核的并行效率比MPI高。后者MPI是无论是否编译时采用了MPI的方式，在运行中都需要MPI程序帮助通信才可以，在多机并行上效率比MP高。
思想重于技巧，内涵重于表象
(知名作家)
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★ liliangfang: 金币+1, 谢谢交流
引用回帖:: Originally posted by enola at
好像他们推荐用Open MPI
不过我没编译成功
最后用了MPICH2... 可以参考下这里
不过，我没有试过
这里还有一个编译好的
(著名写手)
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★ ★ fzx2008: 金币+2, 专家考核, 谢谢指教
引用回帖:: Originally posted by dxf_dxf_dxf at
如果你想用多个进程同时计算，就需要使用MPI。VASP是不支持OpenMP的。
如果你不安装MPI，一个计算任务就只有一个进程。
BTW，问一句CPU的个数和核的个数不一样啊？ 严格说，CPU个数是以sockets，也就是CPU接口为准的，说白了，就是买了一个CPU还是俩CPU。而核数是一个CPU内又细分的核心数量。
由于现在基本都是多核心的CPU，所以对于多socket的工作站和服务器，都是按照core * socket来计算最大的总进程数的。
事实上，由于CPU缓存共享，核间并行的效率不如多socket来得实在～
思想重于技巧，内涵重于表象
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作者 yankai131
例如：2CPU，4核/cpu。单机多核并行VASP，如何编译？
高人指点一下，需要注意哪些设置：如节点等
采用openmpi,或mpich2来进行并行编译。
单机就一个节点，没什么节点问题
关于编译vasp,在本版VIP资源中有不少，自己找一下吧
引用回帖:Originally posted by sunyang1988 at
单机就一个节点，没什么节点问题
关于编译vasp,在本版VIP资源中有不少，自己找一下吧
版主，我有个疑问阿，如下，版主能给点建议吗？谢谢。。或者可以共享下版主的编译经验吗？
我的计算环境如下：
我有两个Nodes，是HP的BL460c G7，配置是
Intel X5670 24G内存，两块20G的网卡。
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编译器是Intel的icc,ifort和MKL（version-11), 以及MPICH2。我已经
安装好VASP，才用Bewulf结构，但是计算中出现了问题：
1.如果我只在一个node上做计算（只启动一个node），采用mpirun，可以全速计算，MPI不会出现问题：
2.但是假如我同事启动两个，node0和node1（也就是两个node有数据交流时，不管用的核多少），我使用mpirun时，当POSCAR
或者说计算的super cell超过一定值时，就会报如下的错：
###################################################
Fatal error in MPI_Waitall: Other MPI error, error stack:
MPI_Waitall(261)..................: MPI_Waitall(count=46, req_array=0x7fffeeca46a0, status_array=0x7fffeeca4760) failed
MPIDI_CH3I_Progress(150)..........:
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1.0& && && & ! universal scaling parameters
8.0 0.0 0.0&&! lattice vector&&a(1)
0.0 8.0 0.0&&! lattice vector&&a(2)
0.0 0.0 8.0&&! lattice vector&&a(3)
1& && && && & ! number of atoms
cart& && && & ! positions in cartesian coordinates
当&&“1.0& && && & ! universal scaling parameters”，时，同时在两个nodes上计算（也就是两个node有数据交流时）会出错的，但是在一个node上不会。
但是当把“1.0& && && & ! universal scaling parameters”中的“1”修改成0.5时，就不会。
我也测试过不管怎么样，当supercell超过4，就会出错，
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