怎么做Hmg电子游戏戏数据分析的有效性 ?

来源：蜘蛛抓取(WebSpider) 时间：2017-10-10 06:07 标签： 龙8娱乐电子游戏
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3秒自动关闭窗口【 读文献】2013年新加坡A*star用illumina-HGv4芯片做的信号通路-芯片数据处理-生信技能树 -
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【 读文献】2013年新加坡A*star用illumina-HGv4芯片做的信号通路
该文章发在cancer discovery上面，杂志很不错。从数据处理的角度，我只关心figure6的芯片数据处理，就用了一个illumina-HGv4芯片，可以上12个样本，正好分成4组，每组3个重复，理论上我们应该对同样的芯片数据分析得到同样的结果。
数据见：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE30669
paper见：http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/3/10/1156.long
分组是： HEK-PDK1, -MYC, or -E545K as compared with HEK-vector control cells.
文章的差异分析结果如下：
Significant analysis of microarray identified 1,750, 1,080, and 297 differentially expressed genes in these transformed cells when compared with nontransformed control cells, respectively (false discovery rate & 0.05; P & 0.01;
http://cancerdiscovery.aacrjournals.org/content/candisc/3/10/1156/F6.large.jpg?width=800&height=600&carousel=1
当然，把数据处理到同样的结果只是这篇论坛的一小步，如何看懂他们是如何来解释这些结果的才是最重要的。
我可以把数据拿下了从头到尾进行差异分析，但是文章没有描述那12个样本的分组信息，所以我的代码是：/jmzeng1314/my-R/blob/master/9-microarray-examples/illuminaHGv4/GSE30669_DEG.R
Jimmy你好！
借帖请教关于 illumina bead array 的两个小问题：
1. 看了你的 GSE30669_DEG.R 脚本和博文[用 lumi 包来处理 illumina 的 bead 系列表达芯片]介绍，似乎 GSE30669_HEK_Sample_Probe_Profile.txt 经过lumi.N.Q等步骤质控之后的数据 A，和直接读入从 GEO 下载的 GSE30669_series_matrix.txt 的数据 B，是等同的（即 A=B）？
你的博文中也提到“明显可以看到前面得到的dataMatrix 和后面得到的 exprSet 都是我们想要的表达矩阵 ## 因为你有时候获取别人处理好的表达矩阵，不符合你的 normalization 要求”。但是后面这句话让我很困惑，GSE30669_series_matrix.txt 直接读入的数据：
数据看起来确实已经 normalize 过了，所以我的理解没错？A=B？
2. 如果使用 GSE30669_series_matrix.txt 读入数据 B 直接进行下游 DE 分析，那么还是像 GSE30669_DEG.R 脚本里直接用 limma 做吗？
3. 我注意到同样是 Illumina HumanHT-12 V4.0 expression beadchip 的芯片数据，GSE65021 数据集提供 GSE65021_non-normalized.txt.gz，我读入 R 后去掉简单处理列名并去掉 P 值列后是这样：
显然和上面的 series_matrix.txt 文件内容比起来是 non-normalized 了。如果恰好 GSE65021_series_matrix.txt “不符合你的 normalization 要求”，这个GSE65021_non-normalized.txt.gz 数据就是要分析的，那么下面的 normalize 要怎么做呢？log2(ttt+1)？
我看页面并没有给出 GSE65021_non-normalized到 GSE65021_series_matrix 之间是何种关系，读入 GSE65021_series_matrix.txt 看了一下数据看起来也不像是上面 GSE30669_series_matrix.txt 那样的经过 normalize 的数据，似乎 GSE65021_non-normalized.txt 和 GSE65021_series_matrix.txt 都没有normalize。很不明白要怎么处理这种情况。
问题不知道说清楚了没有。
尚目目 发表于
Jimmy你好！
借帖请教关于 illumina bead array 的两个小问题：
1. 看了你的 GSE30669_DEG.R 脚本和博文[用 ...
看起来在这个GSE30669里面的GSE30669_series_matrix.txt 记录的不是纯粹的表达矩阵了，我们一般不用你截图的这个东西的。
芯片的log2表达矩阵，绝大部分value必须在3~15之间，一定要用boxplot看一下。
我建议你读取non-normalized.txt.gz里面的文件，然后用lumi 包来处理得到表达矩阵，代码如下：
x.lumi &- lumiR.batch(fileName) ##, sampleInfoFile='sampleInfo.txt')
pData(phenoData(x.lumi))
## Do all the default preprocessing in one step
lumi.N.Q &- lumiExpresso(x.lumi)
### retrieve normalized data
dataMatrix &- exprs(lumi.N.Q)
exprSet=dataMatrix
Jimmy 发表于
看起来在这个GSE30669里面的GSE30669_series_matrix.txt 记录的不是纯粹的表达矩阵了，我们一般不用你截 ...
多谢Jimmy的解答:handshake
尚目目 发表于
Jimmy你好！
借帖请教关于 illumina bead array 的两个小问题：
1. 看了你的 GSE30669_DEG.R 脚本和博文[用 ...
这个问题我遇到过，raw.data 这个就是其实就是注释文件 ，no normalize这个文件其实不是lumibatch对象，所以不能用lumi包读取。我看了部分GEO beadarray只提供看了 raw.data这个文件都是26.2M大小,这个文件没有什么用处，还有就是no normalize文件。里面有个表达，后面有detection pval。这个不是所谓的官方beststuio或者geomestudio导出的数据，也就是lumibatch对象文件。所以只能用下载matrix去分析。
Jimmy 发表于
看起来在这个GSE30669里面的GSE30669_series_matrix.txt 记录的不是纯粹的表达矩阵了，我们一般不用你截 ...
这个non normalize txt文件不是lumibatch对象所以不能用lumi包处理。有的就没有提供beststudio或者genomestudio软件导出的lumibatch对象文件。non normalize 文件内容格式和lumibatch文件内容格式也不一样。
渊梦无痕 发表于
这个问题我遇到过，raw.data 这个就是其实就是注释文件 ，no normalize这个文件其实不是lumibatch对象， ...
但是在不知道别人的 normalized _matrix 是怎么得来的情况下，我觉得直接用也不是一个好的选择啊
尚目目 发表于
但是在不知道别人的 normalized _matrix 是怎么得来的情况下，我觉得直接用也不是一个好的选择啊 ...
我看了一些帖子说可能需要用到probe file 和sample info文件& &然后genomestudio软件处理才能得到lumi包的lumibatch对象。
渊梦无痕 发表于
我看了一些帖子说可能需要用到probe file 和sample info文件& &然后genomestudio软件处理才能得到lumi ...
我都不敢用 series_matrix 了，有 RAW_data 都是直接选下载原始数据自己处理了。
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